La fundación del Convento de San Francisco fue iniciativa de D. Diego de Toledo, hijo del Duque de Alba D. Fadrique Álvarez de Toledo, y sobrino del Rey Fernando el Católico, y cuyo escudo de armas figura en la parte superior del altar mayor. El motivo fue la confirmación de la posesión del Priorato de León de la Orden de San Juan. En agradecimiento, donó unas casas y una huerta, a las afueras de la villa, para el establecimiento de un convento e iglesia dedicados a San Francisco de Asís. Este mecenazgo, aparece en el texto latino grabado sobre el dintel de la puerta de entrada a la iglesia en latín y que transcrito dice así: “Obra dedicada a San Francisco. Ésta es la Casa del Señor, firmemente edificada por mandato del Ilustrísimo Señor D. Diego de Toledo, Prior de Castilla, siendo Papa Clemente VII y Carlos V Príncipe de las Españas. Año de 1532, día 2 de marzo”.
El 2 de marzo de 1532, fray Juan de Espejo, guardián del convento de Cuenca, tomó posesión de la casa y de la huerta para edificar un Monasterio de la Orden Franciscana, de esta manera, pasaba a formar parte de la Provincia de franciscana de Cartagena.
Este convento tuvo una importante vida cultural y en 1619, se produce la fundación-dotación en él de las cátedras de Gramática y Artes entre el concejo de Alcázar y el convento franciscano; unos años después, en 1666, gracias al patronazgo de Francisco de Ressa Orozco y su mujer Francisca Muñoz Villaseñor, se funda el “Colegio de la Inmaculada Concepción y de San Buenaventura”, con sus cátedras de Teología, Filosofía, Teología Moral y Gramática, que fueron las únicas que existieron en la conocida como “Universidad de Alcázar o de San Francisco”
De estilo Gótico de transición al Renacimiento, el templo posee planta de cruz latina con tres naves, con una cabecera poligonal de tres lados y un crucero de 20 metros. Sobre el atrio, que se encuentra a los pies del edificio, se alza el coro sostenido por un arco escarzano. Lo cubre un complejo sistema de bóvedas en forma de estrellas, más complejas cuanto más importantes son las zonas del edificio. Las columnas tienen capitel de estilo plateresco, estilo que también se aprecia en los ventanales. La Torre llama la atención por su gran altura y tamaño, de 35m de altura, planta cuadrada y cuatro cuerpos. El conjunto está cubierto por pizarra empleada a modo de tejas curvas que se disponen a dos aguas que deja apreciar la diferencia de altura entre la nave central y las laterales. Es curioso el dato de la cara norte del edificio, que fue completada por materiales reutilizados, extraídos de las lápidas del que fue el antiguo cementerio del convento.
La portada se hizo en la última restauración de la iglesia en los años 80. Presenta características renacentistas y está edificada con piedra de sillería.
