El Convento de Santa Clara se construyó en el siglo XVI junto a la Ermita de la Purísima Concepción, ya desaparecida, y albergó a las monjas clarisas hasta 1868.
En dicha ermita, extra muros de la localidad, se conservaba el voto del pueblo de Alcázar de San Juan a la Virgen María por la liberación por parte de ésta de dos plagas de langosta, la primera en agosto de 1470 y, años después, una segunda en 1546. Aprovechando la existencia de la Ermita de la Purísima Concepción y con el propósito de conservar dicho voto, la alcazareña Sor Francisca de la Cruz solicita permiso para la fundación de un monasterio bajo el amparo de la Orden Tercera Franciscana. En junio de 1557 hizo la petición al Concejo de Alcázar, quién le cedió la Ermita y otros bienes anejos a ella. El 20 de mayo de 1564 se daba en Madrid la licencia para fundar el Monasterio. El 23 de mayo toma posesión de la Ermita Sor Francisca de la Cruz, y en 1565 el Provincial de los Franciscanos toma posesión del Convento, concediendo a las religiosas, en 1590, el capítulo de Belmonte por el que asumían la Regla de Santa Clara. De ahí el nombre del Convento, aunque era más conocido por el de «La Concepción», debido a la existencia previa de la Ermita.
Rápidamente el nuevo monasterio contó con una gran popularidad, en pocos años llegó a tener más de ochenta religiosas y en él profesaron mujeres de las más arraigadas e importantes familias de Alcázar y de otros pueblos y villas del Priorato. Las peticiones de ingreso de nuevas religiosas fueron constantes lo que originó, en un primer momento, la necesidad de ampliar las instalaciones existentes y, posteriormente, la fundación de nuevos beaterios donde dar cabida a las nuevas incorporaciones. Con este motivo se fundará, también en Alcázar de San Juan, el monasterio de San José (s. XVI) y otro en la localidad de Villarrubia de los Ojos.
El Monasterio fue respetado por la desamortización de Mendizábal y por la exclaustración de 1835. Durante la segunda mitad del siglo XIX, con el impulso liberal, el 29 de noviembre de 1868 se cedió el Convento al Ministerio de la Guerra para la instalación de un cuartel. En 1980 dejó de serlo pasando a ser propiedad municipal.
Se trata de una edificación del siglo XVI, pero que ha sido totalmente reconstruida, de la cual se conserva solamente la portada exterior y la estructura del patio interior. La portada, a la que se accede mediante seis escalones es de sillares de arenisca roja, se construyó en la ampliación del edificio durante el s. XVII y se trata de un arco de medio punto rematado por un frontón triangular en cuya parte central se abre una hornacina. Es de una gran sobriedad, sin ninguna profusión decorativa. Lo más destacado es el juego geométrico de las esferas de influencia escurialense. También, son de especial interés sus artesonados en madera de pino y el claustro que, con elementos añadidos posteriormente, conserva sus arcos de medio punto en sillería.
La tradición alcazareña sitúa entre sus muros el origen de las Tortas de Alcázar, conocido dulce típico elaborado en bizcocho que es el emblema de la gastronomía local.
Actualmente está cerrado, en proceso de restauración.
