Alcázar de San Juan cuenta con varios yacimientos prehistóricos fuera del espacio puramente urbano, como el de La Motilla de los Romeros y en los Fondos de Cabaña del Yacimiento de las Saladillas del entorno de las lagunas, ambos de la Edad del Bronce, o los más recientes restos calcolíticos e íberos detectados en el paraje de Piédrola. En el año 2014 se descubrió en este lugar una necrópolis musulmana, y en 2015 se ha hallado lo que parece ser una villa romana.
También cuenta con restos arqueológicos de la Villa Romana que se localiza en el núcleo urbano de Alcázar, y que pueden observarse junto a la Capilla de Palacio.